Лимонова арестовали 7 апреля 2001 года в Республике Алтай, где он работал над книгой о враге красноярского губернатора Александра Лебедя Анатолии Быкове. В ходе операции местных контрразведчиков вместе с Лимоновым был задержан учредитель газеты "Лимонка" Сергей Аксенов. А за несколько дней до этого были арестованы еще четверо партийцев, которые везли в поезде Уфа-Москва несколько автоматов Калашникова и патроны. Сразу же после задержания перевозчиков оружия один из них указал на своего вождя как на заказчика и организатора приобретения автоматов. 8 апреля Василий Колмогоров распорядился содержать Лимонова до суда под стражей в СИЗО "Лефортово". ("Независимая газета", 2002)

Защиту возглавляет адвокат Сергей Беляк, по адвокатским меркам он, наверное, известен не менее, чем его подзащитный - по писательским. Его специализация - скандальные политики, каковым Лимонов, без сомнения, является. Ему приходилось выигрывать дела у таких зубров, как Генри Резник. ("Новая газета", 2002)

По делу Эдуарда Лимонова, которое рассматривается в Саратовском областном суде, проходят сам писатель и еще пять человек. Лидер Национал-большевистской партии Эдуард Лимонов, учредитель газеты "Лимонка" Сергей Аксенов, а также рядовые нацболы Олег Лалетин, Владимир Пентелюк, Дмитрий Карягин и Нина Силина обвиняются в подготовке к совершению актов терроризма и создании незаконных вооруженных формирований. А господа Лимонов и Аксенов - еще и в призывах к насильственному свержению власти. Обвиняемым грозит от 12 до 20 лет лишения свободы. По мнению Сергея Беляка, адвоката Эдуарда Лимонова, процесс завершится в лучшем случае перед Новым годом, в худшем - в конце февраля.

В основном вопросы сторон защиты и обвинения касались текста "Проект 'Вторая Россия'". Сторона обвинения видит в этом тексте, опубликованном в "НБП-инфо" № 3 (приложении к "Лимонке"), призывы к вооруженному свержению конституционного строя. Сторона защиты и большинство свидетелей с этим доводом не согласны. Они считают, что во "Второй России" речь идет только о тяжелом положении русских в странах СНГ. Александр Проханов (редактор "Завтра") заявил, что никаких призывов в тексте он не увидел. Более того, фрагменты из "Второй России" он совершенно безнаказанно опубликовал в газете "Завтра".

Владимир Линдерман, журналист из Риги, не раз публиковавшийся в "Лимонке" под псевдонимом Абель, заявил суду, что "Вторую Россию" написал он. По словам господина Линдермана, этот материал был прислан на конкурс проектов революций, но опубликован не в газете, а в бюллетене "НБП-инфо" № 3. Журналист утверждает, что призывов к свержению власти текст не содержит и взяться после него за оружие может только человек с нездоровой психикой.